Przygotowania do budowy trwały od 1278 roku, kiedy rozpoczęto wycinkę lasu i gromadzenie budulca. Pierwszy etap budowy można datować na lata 1278–1281. W tym okresie był to zamek komturski, składający się z zamku głównego i położonego na północy przedzamcza. Najwcześniej zbudowano skrzydło północne, gdzie umieszczono najważniejsze pomieszczenia: kaplicę, kapitularz oraz dormitoria. Następnie wzniesiono skrzydło zachodnie, które mieściło komnatę komtura oraz refektarz. Część południową i wschodnią zamykały zabudowania drewniane mieszczące magazyny, warsztaty i stajnie. Kolejnym ważnym elementem zamku była wysunięta na południowy zachód wieża obronna, zwana gdaniskiem, pełniąca funkcję wieży sanitarnej oraz ostatecznego punktu obrony. Drugą, zbudowaną do końca XIII wieku zwaną „Kleszą” w przeciwległym do gdaniska narożniku. Pierwotnie miała znaczenie obronne, po rozbudowie zamku straciła na znaczeniu. Całość otoczona murem obwodowym i fosą.
W 1309 roku podjęto decyzję o przeniesieniu siedziby wielkiego mistrza zakonu z Wenecji do Malborka, który tym samym stał się stolicą Państwa Zakonnego. Wraz z wielkim mistrzem na zamek przybyła duża liczba braci zakonnych, co wymagało przebudowy i rozbudowy istniejącego kompleksu. W Zamku Wysokim najwięcej miejsca zajęły dormitoria (sypialnie), poza tym mieścił się tutaj kapitularz i refektarz konwentu. Dokonano znaczącej rozbudowy kościoła zamkowego p.w. Najświętszej Marii Panny – przedłużono go od wschodu, pod nim umieszczając kaplicę św. Anny przeznaczoną na miejsce pochówku wielkich mistrzów. Na wschodniej fasadzie, we wnęce okiennej prezbiterium umieszczono ogromną 8-metrową figurę Matki Boskiej z Dzieciątkiem, wykonaną ze sztucznego kamienia i pokrytą później mozaiką.
Na dawnym przedzamczu (Zamku Średnim) usytuowano właściwą rezydencję wielkich mistrzów. Powstały tutaj pałac zawierał na głównej kondygnacji (którą było pierwsze piętro od strony dziedzińca) wspaniałe pomieszczenia reprezentacyjne, a jego część od strony Nogatu, uformowana w kształcie wieży obronnej, należy do najwybitniejszych osiągnięć europejskiego gotyku. Malbork w 1410 roku był oblegany przez wojska polsko-litewskie pod wodzą króla Władysława Jagiełły po bitwie grunwaldzkiej.
W czasie wojny trzynastoletniej zamek został sprzedany w roku 1457 roku królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi za kwotę 190 tysięcy florenów (ok. 660 kg złota) przez czeskiego dowódcę najemników Ulryka Czerwonkę, który posiadał zamek w zastawie w zamian za zaległy żołd. Król Polski triumfalnie wjechał na zamek w dniu 7 czerwca 1457 roku. Od tej pory, aż do robiorów, była to jedna z rezydencji królów Polski.
Zamek Wysoki pełnił rolę magazynu, a Wielki Refektarz był miejscem w którym wydawano królewskie przyjęcia. Rezydencja królów Polski mieściła się w Pałacu Wielkich Mistrzów. W dniu 25 kwietnia 1476 roku na zamku odbył się zjazd, w którym wziął udział król Kazimierz Jagiellończyk i późniejszy Święty Kazimierz. W 2 połowie XVI wieku główna wieża otrzymała zegar i hełm renesansowy. W latach 1584-1585 i 1592-1601 funkcjonowały na przedzamczu zamku dwie królewskie mennice gdzie bito złote dukaty. W 1618 roku kościół na zamku przejęli jezuici i przebudowali wnętrze w stylu barokowym.
Podczas wojny ze Szwecją „o ujście Wisły” w dniu 17 lipca 1626 roku zamek obległy wojska szwedzkie pod dowództwem Gustawa Adolfa. Polską obroną dowodził rotmistrz Wojciech Pęcławski, który miał do dyspozycji 300 ludzi. Mimo szczupłych sił obrońcy zdołali odeprzeć szturmy 7500 atakujących do 19 lipca, gdy Szwedzi wdarli się od wschodu przez przedzamcze i na Zamek Średni. Obrońcy złożyli honorową kapitulację i w dowód podziwu za mężną obronę pozwolono im 20 lipca odejść do Grudziądza. Za utratę zamku, przebywającego w niewoli rotmistrza Pęcławskiego skazano zaocznie na karę śmierci. Szwedzi po zdobyciu zamku zbudowali 11 ziemnych bastionów. W 1629 roku fortyfikacje powiększono o kolejną linię obronną, które wojska polskie hetmana Stanisława Koniecpolskiego próbowały bezskutecznie zdobyć 25 lipca. W 1636 roku Szwedzi zamek opuścili i przejęły go ponownie wojska polskie. Zamek został wyremontowany przez Gerarda Denhoffa powołanego na tę funkcję przez króla Władysława IV znacznie go dozbrajając o 66 dział. W 1644 roku w wyniku pożaru spaliły się dachy na Zamku Wysokim oraz zniszczone zostały krużganki. Odbudowano je w stylu barokowym.
Kolejne poważne zniszczenia nastąpiły podczas „potopu” szwedzkiego. W 1726 roku na wieży zamontowano barokowy hełm. Od 1737 roku na Zamku Wysokim mieściły się koszary polskiego regimentu piechoty. Za panowania króla Augusta II na wieży zbudowano nowe zwieńczenie z latarnią oraz położono nowe dachy. Pomiędzy latami 1756-1767 na miejscu nieistniejącej już wtedy Wieży Kleszej, zbudowano dwupiętrowy barokowy gmach kolegium jezuitów. Po I rozbiorze, w dniu 13 września 1772 roku zamek zajęli Prusacy.
Po przejęciu zamku przez Prusaków, w 1774 roku zaczęto przebudowywać Zamek Wysoki na koszary, co doprowadziło do ogromnych zniszczeń. Wyburzono prawie wszystkie gotyckie sklepienia i przebudowano okna. Zamurowano krużganki i wybudowano nową bramę od strony miasta. Wielki Refektarz przeznaczono na ujeżdżalnię koni. W Pałacu Wielkich Mistrzów urządzono fabrykę tkanin i mieszkania dla robotników. Dokonano rozbiórki wielu bram i murów na budulec. Szczególnie wielkie straty zamek poniósł w latach 1801-1804 gdy na rozkaz Fryderyka Wilhelma III zamek zaczęto przebudowywać na wielkie magazyny wojskowe. Wykuto nowe okna, otynkowano zamek wysoki oraz wyburzono średniowieczne sklepienia wprowadzając zamiast tego drewniane stropy. Po tych dewastacjach i protestach prasowych, nastąpiła zmiana postrzegania wartości zamku.
Początki odbudowy rozpoczęły się w 1817 roku od przebudowy wschodniej elewacji Pałacu Wielkich Mistrzów i rekonstrukcji kaplicy św. Katarzyny. Następnie rozpoczęto prace w zachodniej części Zamku Średniego. W 1842 roku na wieży głównej zbudowano neogotyckie zwieńczenie. Prace te oceniano później krytycznie, ponieważ w wielu miejscach odbudowa ta była niepoparta badaniami i miała charakter fantazyjno-romantyczny. Znaczne kontrowersje wywołała także budowa w 1850 roku neogotyckiego szczytu nad Wielką Komturią na Zamku Średnim.
W latach 1850-1876 roku kierownictwo prac przejął Ferdinand von Quast, który krytykował formę wcześniejszych prac rekonstrukcyjnych na zamku. Od 1882 roku zamek był rekonstruowany przez Conrada Steinbrechta. Przywieziono wówczas na zamek wiele cennych dzieł sztuki gotyckiej, przede wszystkim z obszarów Prus krzyżackich, wykonywano również liczne kopie zabytków i nowe aranżacje. Po wyburzeniu barokowego budynku kolegium jezuitów w 1890 roku, w jego miejscu zrekonstruowano nieistniejącą od XV wieku Wieżę Kleszą oraz Domek Dzwonnika. Po 1905 roku Steinrecht prowadził prace w Infirmerii, gdzie zamiast istniejących w średniowieczu trzech nadziemnych kondygnacji rozdzielonych drewnianymi stropami, wprowadził dwie sklepione kondygnacje, wykuwając nowe, nieistniejące wcześniej w tej fazie, okna. W 1912 roku od fundamentów odbudowano Basztę Wójtowską (północną) przy Bramie Głównej (Snycerskiej). Po 1915 roku na zamku średnim zmieniono kształt dachu nad zachodnią częścią Pałacu Wielkich Mistrzów. Steinbrecht nakazał także w 1919 roku zburzenie średniowiecznej wschodniej prostej ściany kaplicy prywatnej Wielkich Mistrzów (p.w. św. Katarzyny) ze szczytem neogotyckim i oryginalnym sklepieniem z 1400 roku, zastępując je zamknięciem wielobocznym, które istniało od około 1330 roku. Prace te zakończono w 1922 roku tworząc widok na tę część dziedzińca Zamku Średniego w formie, która nigdy nie istniała. Zbudowano także przy północnej ścianie kaplicy nigdy nieistniejący w tym miejscu Dom Kapelana.
Po śmierci Steinbrechta prace kontynuowano pod kierownictwem Bernharda Schmida. W 1921 roku zmieniono kształt dachu nad wschodnią częścią Pałacu Wielkich Mistrzów. W 1926 roku zrekonstruowano mury i wieże bollwerku Plauena, a w 1931 roku ukończono prace przy Bramie Nowej. W 1937 roku zrekonstruowano od poziomu gruntu Basztę nad Piekarnią.
W latach 30. XX wieku zamek był często wykorzystywany przez Niemców jako tło uroczystości nazistowskich. W zimie 1945 roku podczas walk o miasto z Armią Czerwoną, zamek został zamieniony w punkt oporu, co doprowadziło do wielkich zniszczeń. Walki trwały do 9 marca 1945 roku. Zburzone całkowicie zostały wschodnia część zamku wysokiego i średniego, wieża główna oraz kościół zamkowy. Zniszczenia szacowano na 50-60%.
Od 7 sierpnia 1945 roku zamek w Malborku był zarządzany przez Wojsko Polskie. Rozkazem Naczelnego Dowódcy Wojska Polskiego 22 sierpnia w zamku w Malborku utworzono Oddział Muzeum Wojska Polskiego nr 1. 30 listopada 1950 roku dyrekcja Muzeum Wojska Polskiego przekazała Muzeum Ministerstwu Kultury i Dziedzictwa Narodowego. W 1951 roku zamek przekazano lokalnym władzom administracyjnym.
Pod koniec lat 50. XX wieku ze względu, iż w trakcie II wojny światowej 50% zamku zostało zburzone, zaczęto planować rozbiórkę zamku. Ostatecznie zmieniono zdanie i powołano Społeczny Komitet Odbudowy Zamku. Rozpoczęła się trwająca wiele lat odbudowa zamku podczas której starano się przywrócić mu kształt z okresu średniowiecza, usuwając błędne rekonstrukcje dokonane przez niemieckich konserwatorów sztuki. Od 1961 roku jest siedzibą Muzeum Zamkowego. W latach 1962-1966 odbudowano dachy nad północnym i zachodnim skrzydłem zamku średniego. W 1966 roku rozpoczęto odbudowę kaplicy św. Anny. W 1967 roku odbudowano południowo-wschodni narożnik Zamku Wysokiego. W latach 1967-1968 zrekonstruowano Wieżę Główną w formie średniowiecznej. W latach 1973-1976 odbudowano zniszczoną prawie do fundamentów, Bramę Główną (Snycerską) na Przedzamczu. W latach 1980-1982 odbudowano Dom Podstarościego i Basztę Prochową. W 1993 roku zakończono odbudowę Karwanu i rozpoczęto odbudowę Baszty Trójściennej. Cały czas też trwały prace konserwatorskie we wnętrzach zamkowych.
W 1997 roku zamek krzyżacki w Malborku został zapisany na liście światowego dziedzictwa UNESCO. Od kilku lat, organizowane są inscenizacje zdobywania zamku malborskiego przez wojska polsko-litewskie po bitwie pod Grunwaldem. W okresie od maja do września odbywają się tu też od wielu lat spektakle typu światło i dźwięk.
Fot. tyt.: H. van der Pepen/Polona.pl
