Po raz pierwszy zamek Dunajec (łac. novum castrum de Dunajecz) pojawia się w dokumencie z 1325 roku jako własność rodu Jana i Rykolfa Berzeviczych, panów na Brzozowicy. Po Berzeviczych panami na zamku w Niedzicy byli Wilhelm Drugeth, starosta spiski, a po nim jego brat Mikołaj. W 1425 r. tzw. klucz dunajecki był w rękach Piotra Schwarza z Berzeviczych, podskarbiego Zygmunta Luksemburskiego. Początkowo zamek niedzicki był węgierską strażnicą na granicy z Polską.

Do 1470 roku zamek pozostawał w rękach potomków Rudygera, a następnie stał się własnością komesa spiskiego Emeryka Zapolyi, żupana spiskiego. Wnuk jego brata, Jan Zápolya, hrabia spiski i wojewoda siedmiogrodzki, został w 1526 roku królem węgierskim. Zwycięstwo w walce o tron zawdzięczał on w dużej mierze dyplomacji Hieronima Łaskiego, któremu w dowód wdzięczności w 1528 roku darował żupanat spiski z Kieżmarkiem, Gelnicą i kluczem dunajeckim wraz z Niedzicą.
Przez 60 lat zamek był w posiadaniu Łaskich: Hieronima, a później jego syna Olbrachta. Znany z hulaszczego trybu życia Olbracht Łaski zamek najpierw zastawił, a później sprzedał Jerzemu Horváthowi, który starannie go odbudował, przekształcając przy okazji w okazałą renesansową rezydencję (w znacznej części w takiej postaci zachował się po dziś dzień). W 1858 roku zamek przejął kolejny węgierski ród – Salamonowie. Pozostawał w ich posiadaniu aż do 1945 roku.

Od 1948 roku przeprowadzono na zamku prace restauracyjne i częściową odbudowę. W części pomieszczeń utworzono dom pracy twórczej Stowarzyszenia Historyków Sztuki, a pozostałe udostępniono zwiedzającym, tworząc muzeum wnętrz i historii regionu spiskiego. W 1960 roku w baszcie urządzono stację sejsmologiczną Zakładu Geofizyki PAN.
Zamek niedzicki był plenerem wielu filmów. Od marca 1955 roku kręcono tutaj zdjęcia do filmu „Zemsta” na podstawie komedii Aleksandra Fredry z 16-letnią wówczas Beatą Tyszkiewicz w roli Klary. W 1975 roku powstał na zamku film „Mazepa”, zrealizowany na podstawie dramatu Juliusza Słowackiego. Zamek był również miejscem realizacji zdjęć m.in. do seriali telewizyjnych „Janosik” oraz „Wakacje z duchami”.
Fot. tyt.: Biblioteka Narodowa